L'ultima gara dell'anno va in scena nel nuovo circuito di Portimao, in Algarve ed è festa grande per Bayliss, che monopolizza tutte le classifiche, conquistando una superpole bagnata con quasi due secondi e mezzo sulla wild card Cal Crutchlow e andando in fuga in entrambe le gare ad un ritmo che nelle fasi iniziali tocca quasi un secondo al giro.
Con questa superiorità dell'australiano, lo spettacolo è giocoforza alle sue spalle e comincia al primo giro della prima gara, quando Fabrizio prova a passare Biaggi, cade e travolge Max. Ne segue una piccola rissa, che prosegue, verbalmente, nel paddock. Un paio di nuovi arrivi, Cal Crutchlow e Jonathan Rea, sono in grado di guidare il gruppo degli inseguitori di Bayliss nelle prime fasi, gruppo che comprende anche Xaus, Corser, Leon Haslam, Checa e Haga. I cambi di posizione sono innumerevoli e la situazione si comincia a chiarire solo dopo dieci giri, quando le performance delle gomme cominciano a fare la differenza: prima della gara i piloti hanno dovuto fronteggiare una scelta difficile, vista la presenza frequente della pioggia, e molte decisioni sono state prese solo sulla griglia di partenza. A questo punto della gara i piloti che hanno scelto la mescola più morbida scivolano indietro mentre gli altri sono in grado di mantenere un buon passo. Nella seconda parte della gara coloro che lottano per la seconda posizione sono Haga, Corser e Checa, con Haga che riesce a resistere nonostante abbia optato per le gomme più morbide. Il momento decisivo avviene al sedicesimo giro, quando Checa passa Corser ed attacca Haga subito dopo; lo spagnolo finisce largo e perde di nuovo la posizione guadagnata, ma dopo un paio di curve è il turno di Haga a finire largo e Checa guadagna la seconda piazza. All'inizio del giro successivo anche Corser riesce a passare Haga ed a questo punto appare chiaro che il giapponese ha un problema meccanico che lo porta al ritiro dopo un paio di giri. L'ordine rimane invariato, con Checa secondo davanti a Corser.
La partenza della seconda gara non è così scontata come la prima, visto che Biaggi e Bayliss si toccano alla prima curva e Bayliss perde diverse posizioni; è chiaro tuttavia che l'australiano ha lo stesso passo irresistibile della prima gara ed alla fine del giro ha già riguadagnato tutte le posizioni e sfreccia davanti a Xaus, in quel momento al comando, sul rettilineo principale, ricominciando una fuga solitaria. Xaus ed Haga si trovano quindi a lottare tra loro per la seconda posizione, ma dopo quattro giri Noriyuki deve scontare un ride-through per partenza anticipata e finisce fuori dai giochi. A questo punto della gara la classifica vede al comando Bayliss, seguito da Corser, Rea e Michel Fabrizio, in rimonta dopo una pessima partenza. Subito dopo il rientro ai box di Haga, Corser prova a passare Xaus, ma finisce lungo alla prima curva, Rea è lesto a prendere la terza posizione, ma dopo un paio di curve Fabrizio lo passa e si mette all'inseguimento di Xaus, mentre dietro a loro Corser viene risucchiato da un gruppo di sette piloti in lotta per la quinta posizione. Xaus e Fabrizio lottano per i successivi due giri, scambiandosi di posizione diverse volte, fino a quando Xaus cade in una delle spettacolari curve in discesa del circuito dell'Algarve, rallentando Checa, che si trova alla sua ruota. Questo fornisce un buon margine a Fabrizio e consegna la terza posizione a Max Neukirchner. Le posizioni del podio rimangono invariate fino a due giri dalla fine, quando Haslam è in grado di strappare la terza posizione a Neukirhcner e conquista il suo secondo podio in Superbike dopo un'attesa di quattro anni.
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